吉林集安蝙蝠保护小区自然环境保存较为完好，蝙蝠多样性丰富。其中，马铁菊头蝠是菊头蝠科内惟一分布于中国东北地区的蝙蝠，大趾鼠耳蝠为翼手目中国新纪录，绯鼠耳蝠则为吉林省翼手目新纪录。近年来，生境破碎化、人为捕杀等因素导致蝙蝠数量急剧下降。建立保护小区，对于维持区域蝙蝠多样性以及生态系统的完整性具有重要意义。
蝙蝠保护小区的建立和后续保护工作的实施，可为国内蝙蝠保护提供相应的示范，更好地促进中国蝙蝠多样性的保护。同时，蝙蝠保护小区的成立也彰显了我校吉林省动物资源保护与利用重点实验室的重要社会服务功能。